A Escalafy contempla um único custo por produto, não dois lotes com custos diferentes convivendo. Existem duas formas de resolver, e as duas são válidas.
Opção 1: manter o custo antigo
Você mantém o custo anterior até esgotar aproximadamente esse estoque, e só então muda para o novo.
Opção 2: cadastrar uma média
Desde a compra você cadastra a média dos dois. Por exemplo, se tem 20 unidades a R$ 7 e compra 20 a R$ 5, cadastra R$ 6.
Se quiser ser mais preciso com o histórico, dá para reprocessar 45 dias com o custo antigo e depois reprocessar só os dias posteriores à mudança com o custo novo.