Não. Os custos adicionais variáveis podem ser associados ao faturamento total da loja ou à quantidade de pedidos, mas não é possível filtrar por um subconjunto de pedidos.
Por exemplo, não dá para aplicar uma comissão só às vendas de loja física, ou só às de um canal específico.
A alternativa
Quando você efetivamente pagar esse valor, cadastre-o como custo fixo com o montante real, e vá adicionando tarifas no mesmo custo mês a mês. Assim fica contemplado com o valor exato em vez de uma estimativa.