Permitimos configurar de duas maneiras diferentes. As duas estão corretas — a escolha depende de quão estável é a sua carga tributária.
Opção A: tudo na porcentagem
Você cadastra a porcentagem total em Impostos da loja e ela é descontada pedido a pedido. É a mais simples.
Opção B: separado
Você cadastra em Impostos da loja apenas a parte que é retida em cada venda, e no fim do mês adiciona o restante realmente pago como um custo fixo adicional.
A opção B costuma valer a pena quando a sua carga varia bastante: uma porcentagem média distorceria os números mês a mês, e assim você cadastra o valor real quando ele é conhecido.
Lembre também que, ao cadastrar o custo de produto com impostos incluídos, você já está contemplando parte da carga na compra. A porcentagem de impostos da loja modela o que sobra para pagar.