Se você alterar a configuração de custos de envio no Escalafy — por exemplo, de envios personalizados (estimativa manual) para "custo de envio do pedido" — os pedidos anteriores que já tinham R$0 de custo de envio registrado continuam mostrando R$0. A mudança se aplica apenas aos novos pedidos que entrarem a partir daquele momento.
Por que os pedidos anteriores não mudam?
Quando um pedido já tem um custo de envio registrado (mesmo que seja R$0), esse valor está fixado. Se o custo original do pedido não incluía o frete discriminado, o Escalafy não pode criar esse dado retroativamente.
Os novos pedidos, por sua vez, já são criados com a configuração atualizada e vão refletir o custo de envio correto desde o início.
Recomendação
Altere a configuração a partir de agora, mas não tente reprocessar o histórico de pedidos que nunca tiveram o custo de envio discriminado. Fazer isso não vai adicionar dados que não existiam no pedido original e pode gerar inconsistências nos seus relatórios.
Você vê uma mudança abrupta nos custos de envio a partir de uma data? É esperado. Representa o momento em que você atualizou a configuração. Os valores anteriores são corretos para o período em que vigoravam.