As duas funcionam, e a escolha depende do que importa preservar.
Reconectar na mesma organização
Você desconecta a loja anterior em Integrações e conecta a nova. Mantém a conta e o plano, mas precisa configurar tudo de novo — custos de produto, fretes, comissões — porque a configuração é própria de cada loja.
Criar uma organização nova
Você preserva os dados históricos da loja anterior na organização dela, e a nova começa do zero. Se preferir assim, fale com a gente que transferimos o plano para a organização nova.
Nos dois casos você entra com o mesmo usuário, e pode alternar entre marcas ou usar a visão combinada pelo canto inferior esquerdo. Lembre que cada organização tem o seu próprio plano.
Se você mudou de plataforma
O histórico da plataforma anterior não aparece no painel da nova. Fale com a gente com o ID da sua organização: desconectamos a anterior e deixamos a nova como principal, para que a seção de Produtos pare de mostrar a loja antiga. Se você só desconectar uma loja sem migrar, o histórico dos pedidos já sincronizados não se perde.