Acontece quando o pedido usa um método de envio próprio cujo custo a plataforma não nos envia. Esses pedidos chegam com frete zerado, e o custo precisa ser descontado do mesmo jeito.
Opção 1: frete personalizado
Na seção de Fretes, em vez de pegar o custo do pedido, configure um custo personalizado por estado, com média onde fizer sentido. É a mais recomendável se você tem muitos pedidos.
Opção 2: custo adicional
Você deixa pegando o custo do pedido e, toda vez que pagar a logística (quinzenal ou mensal), cadastra esse valor como custo fixo adicional. No mesmo custo você vai adicionando tarifas, sem criar um novo a cada mês.
Há uma causa adicional que costuma passar batido: se você configurou um método de envio personalizado da Nuvemshop e não atribuiu um depósito a ele, o custo não é pego. Atribua e reprocesse.