Si activaste usar costos de la tienda y los costos aparecen en cero, significa que en tu tienda esos productos tienen el costo en cero.
Escalafy toma exactamente el costo que esté cargado allá. Si está vacío, llega vacío, y la rentabilidad sale mal porque no se descuenta ningún costo de producto.
Cómo resolverlo
Desactiva usar costos de la tienda y carga los costos manualmente en Configuración → Productos, o cárgalos primero en tu tienda y vuelve a sincronizar.