O mais limpo é cancelar na sua loja. Nós pegamos automaticamente como cancelamento e ele deixa de somar ao faturamento, sem descontar os custos de produto desse pedido.
Se o pedido ficou errado por um desconto ou valor equivocado
O recomendável é cancelar e gerar um pedido novo com os produtos e valores corretos. Esse novo é o que vamos calcular; o cancelado fica só como cancelamento.
Se você não consegue cancelar na loja
Excepcionalmente, dá para neutralizá-lo cadastrando um custo fixo adicional com o valor líquido desse pedido, com data de início e fim no dia do pedido.