Não cadastre zero. O frete ser grátis para o cliente não significa que seja grátis: alguém paga, e esse alguém é você.
Se você deixar zerado, a Escalafy não desconta esse custo de nenhum pedido e o seu lucro aparece maior do que realmente é. Como afeta todos os pedidos igualmente, é um erro que não salta aos olhos: você simplesmente convive com uma margem que não existe.
O correto
Cadastrar o custo real que você paga para a logística. Se tem valores diferentes por região, cadastre uma média.
O caso inverso
Se você cobra R$ 30 de frete do cliente e paga R$ 18, a diferença fica como faturamento — está certo —, mas os R$ 18 também precisam estar cadastrados como custo. Independentemente de quem assume, o custo existe e precisa ser descontado.