No lo pongas en cero. Que el envío sea gratis para el cliente no significa que sea gratis: alguien lo paga, y ese alguien eres tú.
Si lo dejas en cero, Escalafy no lo descuenta de ninguna orden y tu ganancia aparece más alta de lo que realmente es. Como afecta a todas las órdenes por igual, es un error que no salta a la vista: simplemente vives con un margen que no existe.
Lo correcto
Cargar el costo real que le pagas a la logística. Si tienes distintos valores por zona, carga un promedio.
El caso inverso
Si le cobras $10.000 de envío al cliente y a ti te cuesta $6.000, la diferencia queda como facturación —está bien—, pero los $6.000 igual tienen que estar cargados como costo. Independientemente de quién lo asuma, el costo existe y hay que restarlo.